یکی دیگر از نکات مهمی که می بایست مد نظر قرار گیرد، تعیین مکان مناسب برای حفر چاه آب است. اولین نکته مهم، این است که چاه آب می بایست بر اساس استانداردهای محلی هر منطقه و یا کشور، حداقل فواصلی با محل ها و یا ساختمانهای اطراف خود داشته باشد تا از عدم نفوذ آلودگی احتمالی ناشی از آنها به چاه آب، اطمینان حاصل شود.

علاوه بر حداقل فواصل، تعیین نقطه حفر چاه آب نیز از اهمیت بالایی برخوردار است. تعیین نقطه مناسب برای حفر چاه، به ارتفاع زمین، موقعیت ساختمانهای ساخته شده و یا در حال ساخت منطقه، لوله های گاز و کابلهای برق دفن شده زیر زمین و همینطور منابع آلودگی موجود در محدوده بستگی دارد.

در بهترین حالت، چاه آب می بایست در نقطه ای که ارتفاع آن از منابع آلودگی مانند سیستم سپتیک فاضلاب و یا مناطق مخصوص نگهداری دام، بالاتر است، حفر شود. حداقل فواصل تعیین شده بین چاه آب با ساختمان ها و تجهیزات اطراف، به توان بستر خاک و سنگ منطقه برای جلوگیری از نفوذ آلودگی به آب چاه بستگی دارد. به همین دلیل است که اگر عمق چاه آب، کمتر از 50 فوت بوده و یا میزان عمق آن در لایه نقوذ ناپدیر زمین (Confining Layer) کمتر از 10 فوت باشد، احتمال خطر نفوذ آلودگی به آب چاه وجود خواهد داشت. برای این چاه ها، حداقل فواصل تا سایر ساختمانها و تجهیزات، می بایست دو برابر مقدار مشخص شده برای چاه های عادی باشد تا از نفوذ آلودگی به آن ها جلوگیری شود.